Demat,
En général, la résistance existe avant, sauf que comme elle n'offre pas d'avantage adaptatif, la sélection ne se fait pas sur les gènes associés. Donc, dans la nature, où les antibiotiques sont peu présents, les souches résistantes sont peu nombreuses. L'usage des antibiotiques fait une sélection sur ce caractère de résistance, ce qui entraine une augmentation des proportions de résistantes. En mesurant les variations de ces proportions dans des populations animales, on peut estimer leur exposition.
Pour les effets qu'un animal soit infecté avec une souche résistante ou non n'a pas de conséquence fondamentalement différente (sauf si d'autres gènes codant une virulence accrue ou autres sont associés à la population sélectionnée). Ce qui n'est pas vrai pour les animaux d'élevages pour lesquels les traitements antibiotiques se révèlent inefficaces.
Je pense que l'étude se place dans l'optique de prophylaxie car une fois les souches résistantes développées, elles se dispersent via la faune également, ce qui limite nos possibilités de contrôler le phénomène pour l'homme.
Ronan