Un petit essai sur cet article,
avec notamment une mise en garde sur l'arbre phylogénétique de la page 5 !
Tout d'abord, l'étude porte sur un nombre assez important avec 269 craves
à bec rouge. Malheureusement, les chercheurs n'ont pas réussi à séquencer l'ADN de
tous les individus, notamment pour les vieilles plumes qui montrent un ADN dégradé.
Cet échantillonnage est réalisé dans 10 populations : Iles britanniques, France et Espagne.
C'est un bon départ mais c'est finalement assez peu à l'échelle de l'aire de répartition de l'espèce
qui est trouvée un peu partout en Europe et Asie.
http://www.iucnredlist.org/apps/redlist/details/146638/0
Le séquençage porte sur un gène mitochondrial et 16 microsatellites (ADN nucléaire).
L'étude sur les microsatellites permet de conclure qu'il y a un faible flux de gènes entre les populations.
Ces dernières sont isolées et aussi différenciées les unes aux autres à un certain degré suivant les comparaisons.
Ces résultats sont corrélés à une rareté des observations de mouvements longue distance des individus bagués.
Les populations du nord présentent moins de variation génétique que les populations du sud
ce qui vient argumenter en faveur d'un refuge en Espagne et France durant le dernier âge glacaire.
Et pour finir, une phylogénie (= histoire évolutive)
des craves des îles britanniques, de France et d'Espagne est visible p. 5.
Le graphe n'est pas légendé mais cette phylogénie est réalisée
sur le gène mitochondrial choisi dans l'étude.
Le gène n'est pas précisé, il pourrait s'agir du CYB (= cytochrome b)
ou bien du COI (cytochrome oxydase 1) utilisé dans le barcoding (= barcode of life).
Dans ce cas, les gènes mitochondriaux sont privilégiés car ils "évoluent assez rapidement"
et permettent de préciser assez bien les relations de parenté entre populations.
Cependant, ici le gène ne montre pas assez de variation pour obtenir des résultats solides,
il faudrait sans doute séquencer d'autres gènes mitochondriaux et/ou des gènes nucléaires à évolution rapide.
Un petit point sur l'arbre, il n'est même pas précisé la méthode de reconstruction phylogénétique.
Les méthodes sont nombreuses, les résultats et les interprétations en découlant sont alors bien différentes...
Pour les curieux, aux "noeuds de l'arbre phylogénétique",
vous trouverez des numéros qui représentent des bootstraps (rééchantillonage de l'alignement d'ADN).
A partir du même alignement d'ADN, on lance 100 fois les analyses et on regarde les résultats :
différents arbres avec différentes topologies (agencement des noeuds) et aussi longueurs de branche
(qui caractérise le changement évolutif).
Un fort bootstrap (> 90) indique que sur 100 analyses, on retrouve 90 fois le noeud donc que la topologie à ce noeud est solide.
Cependant, un bootstrap de 90 signifie que dans 10 cas sur 100, on obtient un ou d'autres topologies d'arbres.
Ainsi, il faut se méfier de cet arbre car tous les bootstraps (sauf 1) sont inférieurs à 90,
ce qui signifie que de nombreuses autres topologies sont possibles.
Il y a donc encore un peu de boulot sur le séquençage et/ou les analyses phylogénétiques,
vivement les prochains résultats pour en savoir un peu plus !
Yann
Lun 31 Jan 2011 - 19:55
ChoughGeneticsSummaryDec2010.pdf